ในปี พ.ศ. ๒๕๐๖ ในด้านการจัดการศึกษาได้มีการปรับหลักสูตรระดับปริญญาตรีที่เป็นหลักสูตร ๕ ปี มาเป็นหลักสูตร ๔ ปี ยกเว้นสาขาวิทยาสัตว แพทยศาสตร์ยังคงเป็นหลักสูตร ๖ ปี นอกจากนี้ก็ได้กำหนดให้จัดหมวดหมู่สาขาวิชาที่ทำการสอนอยู่ในมหาวิทยาลัยให้เป็นเพียง ๔ สาขาวิชา คือ สาขาวิชาวิทยาศาสตร์ สาขาวิชาวิศวกรรมศาสตร์ สาขาวิชาสัตวแพทยศาสตร์ และสาขาวิชาศิลปศาสตร์ เพื่อประโยชน์ในการจัดเรียกประเภทปริญญา
ในปี พ.ศ. ๒๕๐๙ มีการจัดตั้งคณะใหม่และปรับปรุงเปลี่ยนชื่อของคณะต่าง ๆ ดังนี้

ก. จัดตั้งคณะเพิ่มขึ้น ๒ คณะ คือ
๑) คณะวิทยาศาสตร์และอักษรศาสตร์ ประกอบด้วย ๖ แผนกวิชาคือ

- แผนกวิชาเคมี
- แผนกวิชาคณิตศาสตร์
- แผนกวิชาชีววิทยา
- แผนกวิชาฟิสิกส์
- แผนกวิชาภาษา
- แผนกวิชาสังคมศาสตร์และมนุษยศาสตร์

๒) คณะวิศวกรรมศาสตร์ ประกอบด้วย ๖ แผนกวิชาคือ
- แผนกวิชาชลศาสตร์และอุทกวิทยา
- แผนกวิชาวิศวกรรมเกษตร
- แผนกวิชาวิศวกรรมเครื่องกลและไฟฟ้า
- แผนกวิชาวิศวกรรมโยธา
- แผนกวิชาวิศวกรรมชลประทาน

ข. คณะกสิกรรมและสัตวบาล เปลี่ยนชื่อเป็น "คณะเกษตร" ประกอบด้วย ๘ แผนกวิชาคือ

- แผนกวิชากีฏวิทยาและโรคพืช
- แผนกวิชาเกษตรกลวิธาน (เดิมชื่อ แผนกวิศวกรรมเกษตร)
- แผนกวิชาคหกรรมศาสตร์ (เดิมชื่อ แผนกเคหเศรษฐศาสตร์)
- แผนกวิชาพืชศาสตร์ (เดิมชื่อ แผนกเกษตรศาสตร์)
- แผนกวิชาวิทยาศาสตร์การอาหาร
- แผนกวิชาเกษตรนิเทศ
- แผนกวิชาสัตวบาล
- แผนกวิชาปฐพีวิทยา

ค. คณะวนศาสตร์ แบ่งส่วนราชการใหม่เป็น ๖ แผนกวิชาคือ
- แผนกวิชาการจัดการป่าไม้
- แผนกวิชาชีววิทยาป่าไม้ (เดิมชื่อ แผนกพฤกษศาสตร์กับแผนกสัตววิทยา)
- แผนกวิชาวนวัฒนวิทยา (เดิมชื่อ แผนกวนวิทยา)
- แผนกวิชาวิศวกรรมป่าไม้ (เดิมชื่อ แผนกวิศวกรรมวนกิจ)
- แผนกวิชาอนุรักษวิทยา
- แผนกวิชาวนผลิตภัณฑ์

ง. คณะประมง แบ่งส่วนราชการใหม่เป็น ๔ แผนกวิชาคือ
- แผนกวิชาชีววิทยาประมง
- แผนกวิชาประมง
- แผนกวิชาผลิตภัณฑ์ประมง (เดิมชื่อ แผนกผลิตภัณฑ์)
- แผนกวิชาเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำ (เดิมชื่อ แผนกเพาะเลี้ยง)

จ. คณะเศรษฐศาสตร์สหกรณ์เปลี่ยนชื่อเป็น "คณะเศรษฐศาสตร์และบริหารธุรกิจ" ประกอบด้วย ๗ แผนกวิชาคือ

- แผนกวิชาการตลาด
- แผนกวิชาบัญชี
- แผนกวิชาบริหารธุรกิจ
- แผนกวิชาเศรษฐศาสตร์
- แผนกวิชาเศรษฐศาสตร์เกษตร
- แผนกวิชาสหกรณ์
- แผนกวิชาสถิติ

ฉ. คณะสัตวแพทยศาสตร์ แบ่งส่วนราชการใหม่เป็น ๖ แผนกวิชาคือ

- แผนกวิชากายวิภาคศาสตร์
- แผนกวิชาพยาธิวิทยา (เดิมชื่อ แผนกพยาธิวิทยา และ วิทยาบักเตรี)
- แผนกวิชาเภสัชวิทยา
- แผนกวิชาศัลยศาสตร์
- แผนกวิชาสรีรวิทยา
- แผนกวิชาอายุรศาสตร์

ในปี พ.ศ. ๒๕๑๒ ส่วนราชการที่เรียกว่า "แผนกวิชา" เปลี่ยนชื่อเรียกเป็น "ภาควิชา" นอกจากนี้ได้มีการจัดตั้งคณะใหม่คือ "คณะศึกษาศาสตร์" ประกอบด้วย ๓ ภาควิชาคือ
- ภาควิชาการศึกษา
- ภาควิชาพลศึกษา
- ภาควิชาอาชีวศึกษา

ในด้านการพัฒนากลไกการดำเนินงาน ใช้พระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ พ.ศ. ๒๕๑๑ ซึ่งได้กำหนดให้มีส่วนราชการระดับคณะ ซึ่งมิได้ มีหน้าที่หลักด้านการดำเนินการสอน อันเป็นผลให้มี การจัดตั้งสำนักงานอธิการบดี (เพื่อการบริหารงานทั่วไป) บัณฑิตวิทยาลัย (เพื่อการประสานงาน จัดการศึกษาระดับสูงกว่าปริญญาตรี) สถาบันค้นคว้าและพัฒนาผลิตภัณฑ์อาหาร (เพื่อการวิจัย) และสำนักส่งเสริมและฝึกอบรม (เพื่อการส่งเสริม วิชาการ) พระราชบัญญัติฯ ฉบับใหม่นี้ได้ยุบเลิก ตำแหน่งเลขาธิการมหาวิทยาลัย และเปิดทางให้แต่งตั้งรองอธิการบดีฝ่ายต่าง ๆ ได้ตามความจำเป็น และเหมาะสม

ในด้านการพัฒนามหาวิทยาลัย ได้มีการจัดทำโครงการพัฒนามหาวิทยาลัย โดยใช้เงินกู้ธนาคารโลก เป็นค่าใช้จ่ายส่วนหนึ่ง ซึ่งมหาวิทยาลัยได้เริ่ม ดำเนินงานก่อสร้างในปีสุดท้าย ของทศวรรษที่สามนี้ (พ.ศ. ๒๕๑๕) และเป็นผลให้มหาวิทยาลัยมีพื้นที่ สำหรับดำเนินกิจการด้านการเรียนการสอน และการวิจัยเพิ่มขึ้นอีกแห่งหนึ่งคือ "วิทยาเขตกำแพงแสน" ตำบลทุ่งกระพังโหม อำเภอกำแพงแสน จังหวัดนครปฐม มีเนื้อที่ ๗,๘๑๔ ไร่ โตกว่าวิทยาเขตบางเขนประมาณ ๑๐ เท่าตัว และอยู่ห่างจากวิทยาเขตบางเขนไปทางทิศตะวันตกเฉียงเหนือ ประมาณ ๘๐ กิโลเมตร นับเป็นวิทยาเขต และสถานีวิจัยหลักในภาคตะวันออกแห่งแรก

ที่มา : หนังสือเรื่อง "50 ปี มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ : กำเนิดและพัฒนาการ" หน้า 37-39